Mit Maldi-Tof MS lassen sich die Reinheit von Proteinpräparationen analysieren und das absolute Molekulargewicht von Proteinuntereinheiten mit hoher Genauigkeit bestimmen. Proteine, die als Bande nach SDS-Polyacrylamidgelelektrophorese oder als Spots nach 2D-Gelelektrophorese vorliegen, können nach proteolytischem Verdau über die Bestimmung der Massen der entstandenen Peptide identifiziert werden. Ein Vergleich des so erhaltenen „Peptide fingerprints“ mit Daten in öffentlich zugänglichen Sequenzdatenbanken erlaubt in vielen Fällen bereits eine eindeutige Identifizierung des Proteins. Wo dies nicht unmittelbar möglich ist, können im Maldi-Tof-Massenspektrometer einzelne Peptide fragmentiert („Post-source decay“) und auf diese Weise sequenziert werden.

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